С понедельника в Институте цитологии и генетики СО РАН начала работу Мульти-школа Молодых Ученых, объединяющую традиционную 15-ю Школу «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2024 («Systems biology and Bioinformatics») и 4-ю Школу молодых ученых «Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений» PlantGen School 2024 («Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology»).
Программа Школы будет состоять из:
- часовых лекций ведущих специалистов;
- сообщений молодых ученых с конкурсом лучших работ (по итогам конкурса докладов будут определены лучшие устные и постерные доклады);
- практических занятий;
- физической и электронной постерных сессий.
Первым лектором Школы «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2024 стал профессор Чжэцзянского университета, (Ханчжоу, Китай), почетный доктор Сибирского отделения РАН Мин Чень. Профессор рассказал о том, как строится полногеномная многоуровневая интегрированная биологическая сеть риса. И судя по реакции слушателей - это было не только полезно, но и очень интересно!
А еще программа первого дня работы Школы включала в себя лекции:
- ведущего научного сотрудника ИЦиГ СО РАН. д.б.н. Дмитрия Афонникова (Автоматическое фенотипирование растений);
- зам. директора ИХБФМ СО РАН, к.ф.-м.н. Александра Ломзова (Моделирование пространственной структуры белков методом молекулярной динамики);
- научного сотрудника ИЦиГ СО РАН. к.б.н. Александры Клименко (Биоинформатический анализ метагеномных данных, полученных с помощью секвенирования случайных фрагментов методом дробовика (shotgun метагеномика));
- ведущего научного сотрудника ИОГен РАН (Москва), д.б.н. Екатерины Бадаевой (Хромосомный анализ в структурно-функциональных исследованиях генома растений);
- директора ООО «Феномика» Максима Патрина (Феномная селекция растений. Обзор технологий и действующие решения в России).
Важной частью программы Школы являются практические занятия. У одной из групп практику ведет старший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН, к.б.н. Федор Казанцев. Тема - Потоковое моделирование метаболических систем и процессов.
– Для такого моделирования мы сделали серию протоколов на основе открытых библиотек. Понятно, что за шесть часов практических занятий специалистом с «нуля» не стать. Мы знакомим с основами такой работы: показываем примеры того, как работают эти протоколы, а также - готовые проекты, которые можно дальше расширять уже для своих задач. Таким образом, цель практики – минимизировать «порог вхождения» в эту область. И это вполне достижимый результат, как показывает опыт проведения наших школ, – рассказал Федор нашим читателям.
Тем временем в соседней аудитории Аэлита Макарова обучала слушателей "Школы SBB" реконструкции генных сетей методом программного комплекса ANDVisio.
Этот программный комплекс был разработан сотрудниками Института цитологии и генетики и применяется для реконструкции и анализа генных сетей. В частности - для анализа биологических 
процессов и молекулярно-генетических взаимодействий.
– Сегодня мы реконструировали генную сеть регуляции белков клеточного цикла человека белками вируса гепатита С. И посмотрели, какие сигнальные пути присутствуют в данной генной сети, – отметила Аэлита.
И подчеркнула, что за шесть часов (три часа практики + столько же лекционной части) полностью не освоить работу с генными сетями. Это требует куда более серьезной теоретической подготовки. Но познакомиться с интерфейсом необходимого для этого программного обеспечения (ANDVisio) и попробовать самому реконструировать генную сеть – вполне можно. Что и проделали участники практики.
- Войдите или зарегистрируйтесь, чтобы отправлять комментарии